Ein portal å rekna med

– I 2008 har me utført over 10 000 utrekningar på til saman 1 million timar. Me gir forskarar og studentar høve til å gjera store utrekningar på tungreknemaskinene til Universitetet i Oslo. Det seier prosjektleiar Kamran Shalchian-Tabrizi og dagleg leiar Pål Enger i Bioportalen ved UiO.

STORE UTREKNINGAR: Bioportalen kan hjelpa folk med å få gjort store utrekningar ved hjelp av desse datatenarane. Desse står bak Bioportalen: Bjørn Helge Mevik, Surendra Kumar, Russel Orr, Kamran Shalchian-Tabrizi og Pål Enger.

Foto: ola sæther

Det byrja som ein del av doktorarbeidet til Kamran Shalchian-Tabrizi. Han foreslo at det blei oppretta ein eigen portal som alle akademiske brukarar over heile verda kunne gå inn på, kvar gong dei hadde behov for å gjera ei stor utrekning. Ideen blei omsett til ein søknad til EMBIO, som sidan har støtta dette som ei serviceplattform på UiO. I dag har ”Bioportalen”, meir enn 1100 brukarar over heile verda. 25 prosent av dei arbeider ved utanlandske universitet, 25 prosent ved andre universitet og høgskular i Noreg og halvparten er tilsette ved UiO. Dette representerer faktisk det største tungreknemiljøet i Noreg- uansett fagområde. Eg er viss på at Bioportalen er med på å plassera Universitetet i Oslo på kartet. Me møter ofte forskarar på internasjonale konferansar som seier Bioportalen er ei svært nyttig teneste. Tenestene er også brukte som ein viktig del av undervisninga i bioinformatikk i Oslo-regionen. Også kurs ved utanlandske universitet har brukt denne portalen,, fortel Shalchian-Tabrizi. I dag gir EMBIO 400 000 kroner årleg i støtte til Bioportalen, medan USIT og FUGE-ØSTogså yter ein skjerv. Det er nok til å finansiera ei stilling. No håpar både Shalchian-Tabrizi og Enger på meir pengar, slik at dei kan tilby endå betre tenester.
– Det er ei utruleg historie at me klarer å laga ein så stor suksess av så lite pengar, smiler dei to.
 

– Enklare for folk flest
 

– Konseptet er å gjera utrekning enklare for folk flest, også for dei som ikkje har lært seg UNIX. Det me har gjort ,er å laga ein nettportal som er kopla til ei klynge med Linux-maskiner. Me gjer programvare som brukarane treng, tilgjengelege. Dessutan gir med dei reknekrafta, slik at analysane blir effektive. Og alle ressursane er tilgjengeleg for alle akademiske brukarar. Brukarane på UiO kan til og med logga seg inn med eige brukarnamn og passord.
 

– Kan folk få utført absolutt alle slags utrekningar?
– Ja, det finst nesten ikkje grenser for kva oppgåver som kan løysast. Me har førebels fokusert på å tilby programvare innan livsvitskapar (Life Sciences), først og fremst i skjeringspunktet mellom genom- og evolusjonsforsking. Det finst også mange andre program tilgjengelege for til dømes statistikk og simulering, fortel Shalchian-Tabrizi. Og Pål Enger legg til at dei fleste frå fagområda innanfor livsvitskapar (Life Sciences) gjerne brukar Bioportalen.
– Store forskingsprosjekt, som til dømes kartlegginga av genom hos torsk og andre genomorienterte prosjekt, brukar desse ressursane. Også forskarar i dei medisinske fagmiljøa, kjemikarar og Norsk institutt for vassforsking (NIVA) har brukt tenestene våre. Eigentleg så er det inga avgrensing i kva faggrupper som kan bruka denne portalen. Me trur at økonomar vil ha like stor nytte av det som økologar, meiner Enger.

– Oppdaga av utanlandske forskarar

Dei treng likevel meir pengar i framtida om dei skal klara både å installera nye programvarer og å vedlikehalda dei dei har.
– Då kan me få tilsett fleire personar enn Pål. Dette er er den mest effektive bruken av pengar som finst for å få hjelpt flest mogleg personar, synest han. Han legg til at stadig fleire forskarar frå utanlandske universitet har oppdaga Bioportalen. – Det er difor ikkje så rart at det er registrert 50 artiklar i internasjonale forskingstidsskrift som viser til at dei har brukt Bioportalen. No bed me alle som gjer det, om å senda oss melding om det, fortel Shalchian-Tabrizi. Dei vil også at fleire masterstudentar og ph.d.-studentar skal bruka denne tenesta.
– Det er mange hundre studentar som brukar den allereie. Dei brukar portalen ofte i samband me oppgåver i master- og ph.d.-graden. Difor er den viktig både i undervisninga og i utdanninga av studentar, konstaterer Enger og Shalchian-Tabrizi.
– Me er også døropnarar for dei som til vanleg ikkje har tilgang til tungreknemaskiner. Dei får bruka desse ressursane via oss, legg dei til. – Det er også mogleg å setja i gang fleire utrekningar samtidig. Om kursleiarar tingar tid ei stund på førehand, kan me tilby desse rekneressursane i kurssamanheng også. På den måten slepp også lærarane å installera programvarer og drifta datamaskiner, fortel dei.

I framtida håpar dei at det skal bli mogleg å tilby folk endå større kapasitet.
– Planen er å støtta eit GRID, altså å kopla Bioportalen til eit internasjonalt nettverk av forskjellige datamaskiner. Då vil det vera mogleg å løysa endå meir kompliserte oppgåver endå fleire fag, understrekar Enger og Shalchian-Tabrizi.

Nettadresse: http://www.bioportal.uio.no/



 

Emneord: Bioteknologi, Biologisk institutt, USIT Av Martin Toft
Publisert 12. des. 2008 09:54 - Sist endra 12. des. 2008 14:58
Legg til kommentar

Logg inn for å kommentere

Ikkje UiO- eller Feide-brukar?
Opprett ein WebID-brukar for å kommentere